Το ΤΕΕ υπολογίζει μόνο την αμοιβή του μηχανικού και το ΦΠΑ. Επομένως, οι υπόλοιπες κρατήσεις είναι επιπρόσθετες των ποσών που φαίνονται στο αρχείο pdf.
Το συνολικό κόστος της άδειας προκύπτει από την αμοιβή όλων των εμπλεκομένων μηχανικών (προσαυξημένη με 19% ΦΠΑ), τις κρατήσεις υπέρ ΤΣΜΕΔΕ (3% της αμοιβής του για κάθε μηχανικό και 1,5 τοις χιλίοις του συμβατικού προϋπολογισμού για τον ιδιοκτήτη), το ΦΕΜ (10% της αμοιβής του μηχανικού κάθε μηχανικού με εξαίρεση τους τοπογράφους που πληρωνουν 4%) τα σημειώματα-φορολογικά που πληρώνει ο ιδιοκτήτης, το ανταποδοτικό τέλος (0,5% του συμβατικού προϋπολογισμού), την προκαταβολή του ΙΚΑ, καθως και τυχόν κρατήσεις για την αποχέτευση (ανάλογα με την περιοχή). Επίσης, αν υπάρχει και κλειστός χώρος στάθμευσης θα πρέπει να συνυπολογιστούν τα έξοδα για τη συμβολαιογραφική δέσμευσή του και την μεταγραφή της στο υποθηκοφυλακείο.
Το ΦΕΜ το πληρώνουμε εμείς και το ποσό αυτό συμψηφίζεται με το φόρο που θα πληρώσουμε στο τέλος της χρονιάς. Αν δηλαδή το εισόδημά μας είναι μικρότερο από το αφορολόγητο όριο, τότε τα ποσά που καταβάλαμε ως ΦΕΜ μας επιστρέφονται με το εκκαθαριστικό, αλλιώς συμψηφίζονται με τον φόρο που πρέπει να πληρώσουμε.