Πρόκειται για τους χώρους:
Ακρόπολης, μαζί με την περιοχή της Αρχαίας Αγοράς και των Λόφων Επιδαύρου Ολυμπίας Φιλίππων Μεσσήνης Απτερας Χανίων Mon Repos στην Κέρκυρα Δωδώνης Νικόπολης Μετεώρων Αγίου Αχιλλείου Πρεσπών Παλαιάς Πόλης Ιωαννίνων και του νησιού της λίμνης Ακροκόρινθου Γραμβούσας-Μπάλου Μυστρά Δήλου Σουνίου Βραυρώνας Δελφών Φαιστού Οι αρχαιολογικοί χώροι της Ελλάδας χαρακτηρίζονται από έναν μοναδικό πλούτο βιοποικιλότητας, που συνδέεται στο πέρασμα των αιώνων με την ιστορία των τόπων, τις λατρευτικές συνήθειες, τη μυθολογία. Η αυξημένη προστασία των αρχαιολογικών χώρων που εξασφαλίζεται από το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού και τον Αρχαιολογικό Νόμο, έχει συμβάλει στη διατήρηση των μοναδικών, σε πολλές περιπτώσεις, ειδών χλωρίδας και πανίδας.
Η, από πολύ νωρίς στην ιστορία του ελληνικού κράτους, διαφύλαξη και προστασία των αρχαιολογικών χώρων, επέδρασε ευεργετικά και στην διατήρηση της βιοποικιλότητας. Η θεσμική θωράκιση των αρχαιοτήτων απέτρεψε, στις περισσότερες περιπτώσεις, αρνητικές για την βιοποικιλότητα δραστηριότητες όπως την εκτός σχεδίου δόμηση, το κυνήγι, την υπεράντληση υδάτων ή την ρύπανση του εδάφους από εντατικές γεωργικές πρακτικές. Έτσι, πολλοί αρχαιολογικοί χώροι λειτούργησαν ως αποτελεσματική ομπρέλα προστασίας τοπικών πανίδων και χλωρίδων. Στον Ιερό Βράχο φύεται το στενοενδημικό φυτό Μικρομέρια της Ακρόπολης (Micromeria acropolitana), που απαντά αποκλειστικά στον αρχαιολογικό χώρο. Σε άλλους χώρους, όπως στους Δελφούς ή στην Επίδαυρο διαβιούν σπάνια είδη πουλιών όπως οι αετοί ή ενδημικά είδη σαυρών ζουν ανάμεσα σε βράχους και σε κίονες.
Στο πλαίσιο της Προγραμματικής Σύμβασης, το ΥΠΠΟΑ θα προσδιορίσει το γεωγραφικό αντικείμενο μελέτης σε κάθε επιλεγμένο αρχαιολογικό χώρο και θα συνεισφέρει με τα διαθέσιμα στοιχεία βιοποικιλότητας, το ΥΠΕΝ θα εξασφαλίσει τη χορήγηση των απαραίτητων αδειών για τις εργασίες πεδίου, το ΕΚΠΑ αναλαμβάνει την υλοποίηση του έργου της καταγραφής της χλωρίδας και της πανίδας, με τον συντονισμό επιστημόνων, ενώ ο ΟΦΥΠΕΚΑ αναλαμβάνει την πλήρη χρηματοδότηση του έργου.